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[開學]106學年第1學期的課程看版開張了 歡迎同學問問題-20170917

作者 主題: [Tool] BWA  (閱讀 1888 次)

admin

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[Tool] BWA
« 於: 二月 28, 2017, 02:29:47 pm »
http://bio-bwa.sourceforge.net/bwa.shtml
程式碼: [Select]
bwa index ref.fa

bwa mem ref.fa reads.fq > aln-se.sam

bwa mem ref.fa read1.fq read2.fq > aln-pe.sam

bwa aln ref.fa short_read.fq > aln_sa.sai

bwa samse ref.fa aln_sa.sai short_read.fq > aln-se.sam

bwa sampe ref.fa aln_sa1.sai aln_sa2.sai read1.fq read2.fq > aln-pe.sam

bwa bwasw ref.fa long_read.fq > aln.sam
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ngstool

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回覆: [Tool] BWA
« 回覆文章 #1 於: 三月 26, 2017, 06:58:48 pm »
程式碼: [Select]
samtools view -b -S SLE001-bwa.sam > SLE001-bwa.bam
samtools sort SLE001-bwa.bam SLE001-bwa-sorted
samtools index  SLE001-bwa-sorted.bam
java -jar picard.jar MarkDuplicates INPUT=SLE001-bwa-sorted.bam OUTPUT=SLE001-bwa-dedup.bam METRICS_FILE=metrics.txt
已記錄
 

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