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[慶賀]恭喜亞大獲《泰晤士報》亞洲最佳大學排名第83名,國內排名第十名-20170201

作者 主題: csv  (閱讀 150 次)

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csv
« 於: 四月 24, 2017, 11:12:12 pm »
程式碼: [Select]
with open(ggname, 'r') as csvfile:
     spamreader = csv.reader(csvfile, delimiter=',')
     for row in spamreader:
         print (', '.join(row))

Merge GO genes with DE columns
程式碼: [Select]
import sys
import csv

print("""\
Usage: CheckPathway genes.txt associations.tsv output.csv
""")
goname = 'associations.tsv'
ggname = 'SRP073050-de.csv'
mmname = 'merge.csv'
print ('Number of arguments:', len(sys.argv), 'arguments.')
print ('Argument List:', str(sys.argv))
if len(sys.argv) > 1:
    goname = sys.argv[1]
if len(sys.argv) > 2:
    ggname = sys.argv[2]
if len(sys.argv) > 3:
    mmname = sys.argv[3]

genes = dict()
inset = list()
noset = list()
mmset = list();
with open(ggname, 'r') as csvfile:
     genereader = csv.reader(csvfile, delimiter=',')
     for row in genereader:
         #print (', '.join(row))
         if row[0] not in genes:
            genes[row[0]] = row
empty = ['0', 'NA', 'NA']
title = ['baseMean', 'log2FoldChange', 'p-value']
first = True
with open(goname, 'r') as tsvfile:
     goreader = csv.reader(tsvfile, delimiter='\t')
     for row in goreader:
        if first:
           mmset.append(row[0:3]+title+row[3:])
           first = False
           #print (', '.join(row))
        else:
           gname = row[2]
           if gname in genes:
              mmset.append(row[0:3]+genes[gname][1:3]+[genes[gname][6]]+row[3:])
              #inset.append(row[2])
           else:
              mmset.append(row[0:3]+empty+row[3:])
              #noset.append(row[2])

with open(mmname, 'w') as csvfile2:
    mmwriter = csv.writer(csvfile2, delimiter=',', lineterminator='\n')
    for row in mmset:
        mmwriter.writerow(row)
print('Fin')
« 最後編輯時間: 四月 25, 2017, 01:50:49 am 由 admin »
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