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[ngstool]

mv a.out b.out
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sudo apt-get install krename

141003-D002-1_S2_L001_R1_001.clean.fastq => D002_R1.fastq
rename -v   's/141003-(D\d\d\d)\S+(_R[12])\S+\.fastq$/$1$2\.fastq/' *.fastq
-v verbose -n just test