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[慶賀]恭喜張清貿醫師升任北榮傳醫科主治醫師-20170201

作者 主題: BiomaRt  (閱讀 136 次)

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BiomaRt
« 於: 五月 05, 2017, 01:53:33 am »
http://www.ensembl.org/info/data/biomart/biomart_r_package.html

程式碼: [Select]
source("http://bioconductor.org/biocLite.R")
biocLite("biomaRt")

程式碼: [Select]
library(biomaRt)
listEnsembl()
listEnsembl("GRCh=37")
listEnsembl(version=78)
已記錄

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回覆: BiomaRt
« 回覆文章 #1 於: 五月 05, 2017, 01:55:37 am »
http://stackoverflow.com/questions/41490657/best-way-to-get-list-of-snps-by-gene-id/41496733
程式碼: [Select]
library(biomaRt)

#load the human variation data
variation = useEnsembl(biomart="snp", dataset="hsapiens_snp")

#look up a single gene and get SNP data
getBM(attributes = c(
  "ensembl_gene_stable_id",
  'refsnp_id',
  'chr_name',
  'chrom_start',
  'chrom_end',
  'minor_allele',
  'minor_allele_freq'),
  filters = 'ensembl_gene',
  values ="ENSG00000166813",
  mart = variation
)
已記錄
 

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